La biopréservation et les composés antimicrobiens

La biopréservation, technologie «douce» de préservation des aliments, consiste à utiliser des microorganismes sélectionnés pour empêcher le développement de bactéries indésirables comme les pathogènes humains ou les bactéries responsables de l'altération organoleptique.

Les souches sélectionnées sont identifiées, caractérisées et produites en fermenteur. L'étude des mécanismes d'interaction entre les souches bioprotectrices et les souches cibles, et plus généralement entre différentes populations, fait de plus en plus appel à des outils "omics" comme la génomique, la protéomique ou la métabolomique. Les applications industrielles nécessitent une bonne connaissance des écosystèmes microbiens des aliments, pour lesquels de nouveaux outils, permettant de s'affranchir des milieux cultures, deviennent nécessaires. De même, les compétences en analyses sensorielles ou en microbiologie prévisionnelle disponibles au niveau de l’unité sont également mises à contribution dans ce projet.  L’ensemble de ses travaux a été mis en œuvre dans le cadre de plusieurs projets nationaux et européens (ANR Ecobiopro, EraNet SafeFishDish, RMT Florepro…).

Une autre voie de valorisation émergente est la production de composés antimicrobiens. La résistance des bactéries pathogènes aux antibiotiques disponibles ainsi que l’émergence des multi-résistances sont en effet un enjeu majeur en santé humaine. Récemment, un outil de criblage haut débit de ses bactéries contre de nombreuses cibles (pathogènes humains et animaux, bactéries d'altération des aliments…) a été mis en place.