Analyse et surveillance des pathogènes

L’Ifremer analyse et met en place des réseaux de surveillance des pathogènes présents dans le milieu et l'écosystème marin.

Savoir-faire et compétences

Les unités DYNECO et LITTORAL du département ODE, l'unité SG2M du département RBE et l'unité SM du département IMN disposent de plusieurs savoir-faire et compétences pour assurer cette mission :

• Observation du littoral : études des écosystèmes littoraux, mise en œuvre de réseaux de surveillance sanitaire, compétences en prélèvement, optimisation des conditions de transport, élaboration de protocoles
• Etude du phytoplancton et des phycotoxines : taxonomie, culture et maîtrise de la production de toxines, étude des écosystèmes pélagiques, de la production primaire, de la prolifération du phytoplancton et des espèces toxiques, analyse de la diversité du phytoplancton, connaissance des toxines marines, quantification et identification structurale des toxines marines, analyse des dérèglements et efflorescences phytoplanctoniques, eutrophisation, bio-accumulation et métabolisation de biotoxines marines dans les produits de la mer, analyse des interactions avec l’environnement (température, lumière, nutriments, nitrates, phosphates, silice)
• Santé publique : détection, identification et caractérisation des agents pathogènes dans les coquillages et l’environnement marin, développement des outils de diagnostic utilisés en surveillance, étude des génomes des agents pathogènes et de leur diversité, impact de l’environnement marin sur pathogènes humains, accompagnement et surveillance
• Détection, capteurs et mesures : développement et prototypage de nouvelles technologies, définition de conditions de mise en œuvre des instruments et protocoles de mesure
• Conception et mise au point d’équipements et instruments marins destinés à l’observation, la surveillance, la mesure in situ et le prélèvement, essais à terre et en mer d’instruments et de prototypes
• Développement de méthodes de protection des capteurs contre les biosalissures marines et de protection des hublots et systèmes d’imagerie contre les biosalissures marines
• Ingénierie de systèmes sous-marins téléguidés et autonomes : robotique, architecture système, communication optique et acoustique, navigation, calcul de structures, ingénierie d’intervention, adaptation des systèmes, gestion de mission

Flotte

• Navire hauturier Pourquoi pas ?
• Navire hauturier L’Atalante

Systèmes sous-marins

• Victor
• Aster^X et Idef^X
• Planeurs océaniques (gliders)

Moyens d’analyse

• Laboratoires nationaux de référence (Microbiologie, maladies des coquillages)
• Microscope électronique à transmission
• Panel d’outils de caractérisation des pathogènes (histologie, biologie moléculaire, bactériologie, biochimie, protéomique, fixation de tissus, observation photonique)
• Plateforme Lipides marins avec Biogenouest
• 9 Laboratoires Environnement littoral et Ressources aquacoles (LER) et du laboratoire Phycotoxines situé à Nantes
• Accréditations COFRAC

Technologies et autres équipements

• CHEMINI
• MOBESENS
• Phytochips
• Biocapteur à résonance plasmonique de surface pour la détection de toxines en milieu marin
• Biocapteurs in situ de détection d’organismes pathogènes
• Echantillonneur passif SBSE
• Observatoires fonds de mer pluridisciplinaires câblés destinés aux zones côtières
• VAIMOS
• Dymaphy

Base de données

Quadrige²

Brevets

Antenne radiofréquence sous-marine

Logiciels

• Talim
• ADELIE
• MIMOSA
• Techsas
• CASINO+
• SUMATRA